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对于NGS测试也是如此,但检测到的变化可能完全不同。

作者:365bet足球直播 时间:1970-01-01 文章来源:最佳娱乐365bet
在美国医学遗传学会(ACMG)年会上,Invitae测序公司的生物信息学科学家Steve Lincoln表示,下一代测序(NGS)很难被发现。这突出了需要更好的标准来确保NGS基因检测的质量。
该研究的结果包括7个实验室的10个过程。
他们发现NGS难以检测患者样本中发现的许多致病突变,包括大插入缺失,拷贝数变异,均聚物或结构变异。
许多实验室尚未使用足够数量的样品验证NGS测试,因为难以获得阳性对照样品。
或者,研究人员决定使用代表不同类型变异的合成参考样本。
在设计这种所谓的“Franken Control”时,他们在经常检测到的七种致癌基因中选择了BRCA1,BRCA2,CDKN2A,MLH1,MSH2,MSH6和PMS2。
他们分析了17项具有技术挑战性的突变,包括小,中,大插入,短串联重复缺失,串联重复扩增,均聚体相关突变,缺失/插入(Delin)突变。片段重复变异的变化GC富含区域变异。插入缺失附近的单碱基突变(SNV)。和良性SNV。
SeraCare Life Sciences合成了含有这些变体的质粒,并将它们整合到几种细胞系的基因组DNA中,使它们看起来是杂合的。
该参考样品提供给七个联合实验室。
这些实验室使用10种检测协议。其中8个使用Illumina测序平台并使用Illumina基因组测序,即Thermo Fisher Ion Torrent平台。AmpliSeqAmplification的方向
所有过程都使用不同的生物信息学方法,其中两种已经过临床验证。
十个检查过??程可以检测到“简单”的SNV和小型插入缺失,只有一个实验室丢失了一个小插入缺失。
然而,只有10个过程,包括Invitae检测过程,检测到10个难点突变,只有3个过程检测到17个复杂突变。
林肯指出,许多变异实际上存在于最初的NGS数据中,但未被生物信息学分析检测到。
由于AmpliSeq方法无法扩增某些等位基因,因此IonTorrent过程无法检测到多种变异。
林肯解释说,AmpliSeq依赖于小扩增子并针对FFPE样品进行了优化,但由于每个靶标都被一对引物覆盖,因此失败了。
此外,IonTorrent平台省略了一个变量,这是均聚物的一个已知问题,但三个Illumina检测过程中的一个也省略了其中一个变体。
林肯评论说,RadiChildren医院的Illumina基因组测序过程“预期很好”,但实际上在所有测试中显示出最低的覆盖率,但只有三个缺失是的。
林肯先生认为,临床实验室可以忽略这个问题,实验室需要更好的参考资料。
SeraCare目前提供用于商业研究的合成参考样品,但要求其他公司开发更多标准材料。
(薄荷生物学)


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